El Instituto ha incluido en sus Lineamientos Estratégicos al Cuidado Animal, como una de las actividades prioritarias a desarrollar en el marco de las acciones tendientes a garantizar la calidad de los procesos y los productos.
Desde finales de los años 90’ se vienen desarrollando actividades como: Auditorías, Actividades de divulgación, Congresos, Jornadas de capacitación, Cursos presenciales y a distancia, Asesoramiento y participación en Grupos técnicos nacionales.
Asimismo, se desarrolló un Programa de Certificación en buenas prácticas de manejo animal (bovinos) Programa de Bienestar Animal del Uruguay (PBA) que abarca los tres niveles: productores, transportistas y planta de faena.